شهریه دبیرستان انرژی اتمی به نسبت سایر مدارس غیرانتفاعی بالا می باشد زیرا سطح آموزشی این دبیرستان بالاست و رقابت بسیاری بین دانش آموزان این دبیرستان با دانش آموزان المپیادی حاکم است